石河子大学第一附属医院内分泌代谢专业始建于1972年，2009年内分泌代谢科正式成立，现为兵团重点学科、兵团代谢性疾病临床医学研究中心，同时承担兵团医学会内分泌及糖尿病专委会的工作，是国家体重管理规范化诊疗门诊、国家骨质疏松防治门诊，为西北垂体专科联盟委员单位，西北甲状腺联盟常务理事单位，科室护理团队获评石大一附院潜力护理专科。科室下设内分泌病区、专科门诊、糖尿病检测室三大功能单元。诊疗范围覆盖糖尿病、甲状腺相关疾病、垂体 - 肾上腺 - 性腺疾病、生长发育异常疾病，以及骨质疏松、痛风、肥胖、高脂血症等各类代谢性疾病。
科室现有医护团队 25 人，其中医师 13 人（主任医师 5 人、副主任医师 2 人），护理人员 12 人；核定固定床位 36 张，开放床位 48 张，年收治住院患者约 1800 人次，全年门诊接诊量超 30000 人次。目前已成熟开展糖尿病、甲状腺及甲状旁腺疾病、垂体及肾上腺疾病、骨质疏松、高尿酸血症及痛风、矮小症及生长发育异常、围绝经期综合征、肥胖症等多个亚专业诊疗工作。